Po śmierci Przemka głogowskiego w 1331 roku władzę nad księstwem głogowskim przejął czeski król Jan Luksemburski. Wkrótce po tym, dożywotnio przyznał połowę księstwa Henrykowi I Jaworskiemu, który z kolei przekazał ją Bolesławowi III z Legnicy, unikając tym samym prawowitego spadkobiercy – Henryka IV Wiernego. Dopiero syn Henryka IV, Henryk V Żelazny, skutecznie upomniał się o księstwo. Objął władzę w części żagańskiej, nie przysięgając na wierność królowi Czech, i dążył do przejęcia Głogowa. W wojnie z Czechami w latach 1342-1344 zdobył miasto, a w wyniku podpisanego traktatu, po złożeniu hołdu królowi, otrzymał prawa lenne do połowy Głogowa i całego księstwa. Druga część została zatrzymana przez Jana Luksemburczyka.
W 1346 roku miało miejsce trwające podzielenie Głogowa i księstwa na część królewską i książęcą. Głogów stracił na znaczeniu, a główną siedzibą Piastów głogowskich stał się Żagań, a później także Kożuchów. Granice podziału przebiegały przez ulice Głogowa, co doprowadziło do powstania dwóch ośrodków władzy, zamków, ratuszy oraz odrębnych sądów i rad miejskich, co przyczyniło się do wzrostu samodzielności mieszczan.
Utrwalenie podziału Głogowa sprawiło, że książę Henryk V oddalił się od następcy króla Jana, cesarza Karola IV. Aby umocnić swoją pozycję, wydał córkę Jadwigę za Kazimierza Wielkiego, króla Polski, co stanowiło kolejny krok w kierunku rewindykacji Śląska. Jego następca, Ludwik Węgierski, zrezygnował z polskich pretensji do Śląska. Po śmierci Henryka V, rządy nad książęcą częścią Głogowa objęli jego trzej synowie, z których ostatecznie dominującą rolę przejął Henryk Wróbel, a następnie jego syn Henryk IX, który brał udział w zjeździe królewskim Jana z Podiebradów i Kazimierza Jagiellończyka w 1462 roku.
Za czasów Henryka IX, księstwo stało się przedmiotem zainteresowania władców Węgier, Czech, Polski oraz Brandenburgii. To ostatnie doprowadziło do małżeństwa księcia z ośmioletnią Barbarą, córką elektora brandenburskiego, będącej dziedziczką księstwa po śmierci męża w 1476 roku. W latach 1384-1479 część królewska Głogowa znajdowała się pod rządami książąt cieszyńskich.
O spadek głogowski zbrojnie upomniał się kuzyn Henryka XI – Jan II Żagański, który zdołał zjednoczyć miasto w 1480 roku. Zajęcie królewskiej części Głogowa doprowadziło jednak do konfliktu z królem Węgier, Maciejem Korwinem. Na koniec 1488 roku Jan II zrzekł się księstwa na rzecz Macieja, który mianował swoim syna Jana Korwina księciem głogowskim. Dwa lata później, Jan Korwin zwolnił mieszczan z hołdu złożonego Węgrom.
W 1490 roku Głogów oraz księstwo powróciły do Czech, stając się częścią państwa Jagiellonów. Zarządzać nimi mieli kolejno Jan Olbracht oraz Zygmunt Stary. Śmierć króla Ludwika II Jagiellończyka w 1526 roku zakończyła rządy Jagiellonów w księstwie głogowskim.